El Museo exhibe miles de piezas, desde minerales y rocas hasta diversos reinos.

Los laboratorios de Botánica, Zoología de Invertebrados y Zoología de Vertebrados, poseen depósitos con colecciones para estudios científicos.

La biblioteca y Centro de Documentación “Joaquín Frenguelli” contiene más de 100.000 publicaciones periódicas y 3.000 libros.

El Ameghino es consultado periódicamente por científicos, investigadores, docentes, por estudiantes universitarios, profesionales de la salud, y público en general.